1、芥菜疙瘩能生吃，但芥菜疙瘩嚐起來又苦又苦，所以一般不建議生吃。
2、芥菜疙瘩中含有豐富的營養物質，如纖維素、維生素、碳水化合物等，即便未經醃製也不含有毒、有害物質，焯水後涼拌、清炒等方式烹飪後能吃，一般不會影響對營養成分的吸收、利用。而醃製後的芥菜疙瘩，可以延長儲存時間，改善口味，但醃製過程中需加入超量的鹽，鹽攝入過多可能誘發高血壓、腎臟損害等，增加發生心腦血管意外的風險。且醃製過程中可能產生亞硝酸鹽等有害物質，芥菜疙瘩中的營養成分也會有所流失，吃了之後對機體健康並無太大益處。
3、此外，由於芥菜疙瘩中含有的硫代葡萄糖苷水解後會形成芥子油，可對胃腸道產生刺激，不可吃太多。特別是既往有胃潰瘍、胃炎等胃腸疾病者，容易加重機體不適，嚴重時可引發胃絞痛、胃穿孔、胃出血等症狀。
